办公室：承担局机关文电、会务、接待、机要、档案等日常工作；承担局机关信息、综合调研、宣传报道、安全、保密、信访、督查、建议提案办理、政务公开、后勤服务、安全保卫等工作；承担指导本系统信息化建设的工作。

　　人事教育科：承担局机关及直属单位机构编制、干部人事、教育培训、考核奖惩、劳动工资、保险福利等工作；拟订食品药品监督管理人员培训规划；承担管理执业药师、从业药师的工作；承担局机关离退休人员的管理、服务工作。

　　财务科：拟订局机关及直属单位财务管理制度；承担局机关及直属单位的财务和国有资产管理工作；承担局机关及直属单位行政事业性收费的监督管理和内部审计工作。

　　政策法规科(加挂行政审批科牌子)：承担开展食品药品监督管理法律法规的宣传教育工作；承担行政执法监督及行政处罚案件的审核和监督检查工作；承担局机关听证、行政复议、应诉和国家赔偿等工作；承担规范性文件的审查备案等工作；承担行政审批事项的受理、形式要件的审核、督导现场审查和送达等相关工作。

　　药品注册安全监管科：承担监督实施药品生产质量、中药材生产质量、医疗机构制剂管理规范的工作；依法承担监督管理麻醉药品、精神药品、毒性药品、戒毒药品和放射性药品生产、使用的工作；承担监督检查药品包装材料生产、经营、使用单位的工作；配合有关部门承担实施国家基本药物制度的工作；承担监督实施中药材生产质量管理规范、中药饮片炮制规范和中药品种保护制度的工作。

　　药品市场监督科：承担监督实施药品经营质量管理规范的工作；承担组织实施国家处方药和非处方药分类管理制度的工作；承担《药品经营企业零售许可证》核发、二类精神药品制剂零售单位核定和管理工作；承担监督管理麻醉药品、精神药品、毒性药品、戒毒药品、放射性药品及其它特许药品的经营工作；承担监督互联网药品交易行为的工作；承担监测药品广告的工作。

　　医疗器械科：承担监督实施医疗器械研制、生产、流通和使用的质量管理规范的工作；承担核发一类医疗器械产品注册证的工作；承担监管医疗器械的研制、生产、流通和使用的工作；承担监测医疗器械广告的工作。

　　餐饮服务监管科：承担餐饮服务环节许可事项和餐饮服务环节食品安全监管工作；承担监督实施餐饮服务环节食品安全管理规范的工作；承担餐饮服务环节食品安全事故的应急处理工作。

　　保健食品化妆品监管科：承担监督实施保健食品标准、技术规范与化妆品卫生标准、技术规范的工作；承担监管保健食品、化妆品生产和经营企业的工作；承担保健食品、化妆品卫生许可和监督管理工作；承担保健食品和化妆品安全事故的应急处理工作；承担保健食品、化妆品广告监测。

　　机关党委：负责局机关和直属单位的党群工作

　　监察室：在上级纪检、监察部门和本局党组的领导下，开展行政监察工作，负责局机关和直属单位工作人员违纪违规案件的查处工作，配合开展党风廉政建设的宣传教育工作。